Snake, junto con Consuelo Álvarez y dos pilotos, viaja ilegalmente a EE. UU., donde son detenidos por el FBI y uno de los agentes, Dalton, obliga al personaje principal a llevar a cabo una misión secreta para liberar a sus amigos. Necesita infiltrarse en un centro de investigación donde se están desarrollando armas, ubicado en una isla en América del Norte. Esta historia está llena de muchos secretos, pruebas, acuerdos secretos y planes astutos. A medida que la historia avanza, conocerás personajes que influirán en el curso de los eventos: Dr. Takiyama, Lucy, Venera, General Waisman, Snake, Chayot Ha Kadesh y otros.